سهروردی بعد از آن به اصفهان، که در آن زمان مهم‌ترین مرکز علمی و فکری در سرتاسر ایران بود، رفت و تحصیلات صوری خود را در محضر ظهیرالدین قاری به نهایت رسانیدسهروردی پس از پایان تحصیلات رسمی، به سفر در داخل ایران پرداخت، و از بسیاری از مشایخ تصوف دیدن کرد.در واقع، در همین دوره بود که سهروردی شیفته راه تصوف گشت و دوره‌های درازی را به اعتکاف و عبادت و تفکر گذراند. او همچنین سفرهایش را گسترش داد و به آناتولی و شامات رسید، و چنان‌چه از گزارش‌ها برمی‌آید، مناظر شام در سوریه کنونی او را بسیار مجذوب خود نمود. در یکی از سفرها از دمشق به حلب رفت و در آنجا با ملک ظاهر پسر صلاح الدین ایوبی (سردار معروف مسلمانان در جنگ‌های صلیبی ) دیدار کرد.ملک ظاهر که محبت شدیدی نسبت به صوفیان و دانشمندان داشت، مجذوب این حکیم جوان شد و از وی خواست که در دربار وی در حلب ماندگار شود. سهروردی نیز که عشق شدیدی نسبت به مناظر آن دیار داشت، شادمانه پیشنهاد ملک ظاهر را پذیرفت و در دربار او ماند.در همین شهر حلب بود که وی کار بزرگ خویش، یعنی، حکمةالاشراق را به پایان برد.

اما سخن گفتن‌های بی پرده و بی احتیاط بودن وی در بیان معتقدات باطنی در برابر همگان، و زیرکی و هوشمندی فراوان وی که سبب آن می‌شد که با هر کس بحث کند، بر وی پیروز شود، و نیز استادی وی در فلسفه و تصوف، از عواملی بود که دشمنان فراوانی مخصوصا از میان علمای قشری برای سهروردی فراهم آورد.

سهروردی کسی است که مکتب فلسفی اشراق را بوجود آورد که بعد از مرگش وسعت یافت. او نظریه خود را در اواخر قرن ششم و اوایل قرن هفتم ارائه کرد.^[۱۰] سهروردی را رهبر افلاطونیان جهان اسلام لقب داده‌اند. او خود فلسفه‌اش را حکمت اشراق نامیده بود که به معنای درخشندگی و برآمدن آفتاب است و اقوام لاتین آن را aurora consurgens نام نهاده‌اند. اما این تفکر فلسفه خاص افلاطونی نیست و در آن آرای افلاطون و ارسطو و نوافلاطونیان و زرتشت و هرمس و اسطوره تحوت و آرای نخستین صوفیان مسلمان در هم آمیخته است.^[۱۱]

مکتب سهروردی هم فلسفه هست و هم نیست. فلسفه است از این جهت که به عقل اعتقاد دارد، اما عقل را تنها مرجع شناخت نمی‌داند. عرفان است از این نظر که کشف و شهود و اشراق را شریف ترین و بلندمرتبه ترین مرحله شناخت می‌شناسد.^[۱۲] او به سختی بر ابن سینا می تازد و از کلیات و مثل افلاطون دفاع می‌کند. بر وجودشناسی ابن سینا ایراد می‌گیرد که چرا اظهار داشته که در هر شئ موجود، وجود امری حقیقی است و ماهیت امری اعتباری، و برای تحقق محتاج وجود است. در حالی که طبق حکمت اشراق، ماهیت امری حقیقی است و وجود امری اعتباری.

سرانجام به دستاویز آن که وی سخنانی برخلاف اصول دین می‌گوید، از ملک ظاهر خواستند که او را به قتل برساند، و چون وی از اجابت خواسته آن‌ها خودداری کرد، به صلاح الدین ایوبی شکایت بردند. متعصبان او را به الحاد متهم کردند و علمای حلب خون او را مباح شمردند(اتهام او معاندت با شرایع آسمانی اعلام شد).

صلاح‌الدین که به تازگی سوریه را از دست صلیبیون بیرون آورده بود و برای حفظ اعتبار خود به تایید علمای دین احتیاج داشت، ناچار در برابر درخواست ایشان تسلیم شد.

به همین دلیل، پسرش ملک ظاهر تحت فشار قرار گرفت و ناگزیر سهروردی را در سال ۵ رجب ۵۸۷ هجری قمری به زندان افکند و شیخ همان جا از دنیا رفت. وی در هنگام مرگ، ۳۸ سال داشت و مزار ایشان در مسجد امام سهرودی شهر حلب می باشد